O sagui-da-serra-escuro está sofrendo uma redução populacional de pelo menos 50% em um intervalo de 18 anos (três gerações), o que o coloca na lista dos 25 primatas mais ameaçados de extinção do mundo. Segundo a lista vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza (IUCN), a espécie está em perigo de extinção. Esse é o segundo estado de conservação mais grave para as espécies na natureza e infere a extinção das mesmas em um futuro próximo caso nada seja feito.
O sagui-da-serra é a espécie do gênero Callithrix com menos indivíduos na natureza. Sua população estimada é de menos de 2500 indivíduos e isso a classifica como criticamente em perigo segundo a lista vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza (IUCN). Essa é a categoria de maior risco para as espécies na natureza.
A Mata Atlântica é considerada um hotspot, termo que define áreas de grande biodiversidade como altamente ameaçadas e com pelo menos ¾ de perda da sua vegetação original. O bioma, que é o lar do sagui-da-serra-escuro e do sagui-da-serra, tem sido vítima do crescimento urbano desenfreado, da mineração e de atividades agropecuárias e essa degradação é um dos motivos que
Como a Mata Atlântica é o habitat do sagui-da-serra-escuro e do sagui-da-serra, sua destruição é um fator que contribui fortemente para a sua situação preocupante atual.
A degradação dos habitats também proporciona o estabelecimento de espécies de saguis invasores, introduzidas na área de distribuição dos saguis-da-serra principalmente através do tráfico de animais silvestres. O sagui-de-tufos-pretos, Callithrix penicillata, e o sagui-de-tufos-brancos, Callithrix jacchus, provenientes do Cerrado e Caatinga respectivamente já se encontram amplamente distribuídas na extensão de ocorrência do sagui-da-serra-escuro e sagui-da-serra, competindo por recursos e reproduzindo com esses gerando híbridos férteis e corrompendo a genética das espécies naturais da região.
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